Первые натурфилософские сочинения Шеллинга – «Идеи по поводу философии природы» (1797 г.), «О мировой душе» (1798 г.) воспринимались Фихте в плане развития идеи наукоучения. Но уже осенью 1800 года Шеллинг начинает иначе смотреть на философию Фихте (См.: Гайденко П.П. Указ. соч. – С. 175). Шеллинг и его школа выдвигают отсутствие натурфилософии как решающий аргумент против наукоучения (LauthR. DietranszendentaleNaturlehre… – S. XIII). И для профессоров Йены, не принадлежавших к партии Шеллинга, и даже для учеников Фихте являлось несомненным то, что «он (Фихте. А.Л.) ничего не знает во многих областях философии, хотя бы о последних основаниях естествознания (J.G. FichteimGëspräch… Bd. 3. – S. 201), Другие были более чем категоричными, когда утверждали, что Фихте – «настоящий невежда во всём, что касается физики и природы» (Ibid.: S. 418). Так судил о нём в 1806 году Ф. Баадер в письме к Ф. Якоби.
Все эти отзывы породили предубеждение против наукоучения, продолжающее существовать до сегодняшнего дня. Но, может быть, в такой оценке наукоучения был повинен сам Фихте? В одной из лекций зимнего семестра он говорил своим слушателям следующее: «существует натурфилософия априори. Она будет разрабатываться. Но я считаю себя к этому неспособным» (Цит. по: LauthR. Ibid.: S. XIV). Полтора года спустя он писал Шеллингу: «Ваши, свойственные только Вам работы о натурфилософии я изучил совсем не настолько, чтобы считать себя способным высказать о них какое-либо суждение. […] Что касается меня, то мне также трудно и чуть ли ещё не труднее разобраться в чужой системе, нежели самому построить свою. Поэтому в отношении натурфилософии моим намерением было и остаётся когда-нибудь самому её разработать» (Цит.по: LauthR. Ibid.: S. XIV).
Дело в том, что когда Фихте говорит о натурфилософии apriori, он имеет в виду только специальную философию природы явлений и законов, т.е. специальное учение о природе, но вовсе не универсальное учение. «Так что бесполезно, – пишет Р. лаут, – искать у Фихте учение о гравитации, электричестве, гальванизме или магнетизма» (Ibid.: S. XIV). Но не эти частности, по мнению Лаута, должны нас волновать. У Фихте, как хочет показать Лаут, имеется идея «всеобщей натурфилософии», которая заключена в удивительной последовательности и цельности, хотя и не изложена в отдельной работе (LauthR. Ibid.: S. XV). Фихте, считал Лаут, всесторонне отрефлектировал возможность и первоначальную форму природы, изложив результаты размышлений в работах, вышедших до 1802 года. Уже в это время Фихте осуществлял переход на позиции «Абсолютного знания», знания, которое конституируется им как таковое. Для обоснования этой позиции Фихте требовалось дать определение природе. Уже в 1800 году, размышляя над трансцендентальным идеализмом Шеллинга, Фихте формулирует вопрос, имеющий решающее значение для всякого закона, по которому составляется учение о природе – «дедуцируется ли он как необходимый для природы?» (Ibid). Шеллинг, напротив, «рассматривает рефлексию природы саму по себе» (Цит. по: LauthR. Ibid.: S. XV). Он полагает, что тот, кто понимает природу как живой организм, должен стремиться к её внутреннему постижению. «Натурфилософия Шеллинга, – пишет Гайденко, – исходит из внутреннего тождества природы и разума, из параллелизма, существующего между природой и разумным» (Цит. по кн.: Гайденко П.П. Указ. соч. – С. 180). Но там, где Шеллинг видит два «параллельных ряда» – объективный (природа) и субъективный (сознание), которыми должны заниматься две разные науки – натурфилософия и трансцендентальная философия – там Фихте видит две разные формы деятельности трансцендентального Я» (Там же).