Надо сказать, что и современные специалисты, работающие над освоением идейного богатства Фихте, допускают опасное смешение терминов «натурфилософия» и «трансцендентальное учение о природе». Профессор Р. Лаут, с именем которого сегодня справедливо связывают начало Фихтевского Ренессанса на Западе, начинает свою книгу «Трансцендентальное учение о природе с точки зрения принципов наукоучения» следующим образом: «Существует старое изречение, которое проходит через всю вторичную литературу, занимающуюся наукоучением Фихте: в наукоучении нет натурфилософии, по крайней мере, Фихте её не разрабатывал. Этим объясняется, что до сегодняшнего дня не имеется изложения учения о природе в наукоучении» (LauthR. DietranszendentaleNaturlehreFichtesnachdemPrincipienderWissenschaftslehre. – Hamburg: Meiner, 1984. – S. XIII).

Прежде всего необходимо отметить, что, во-первых, Фихте и не разрабатывал натурфилософию; во-вторых, отдельные элементы «трансцендентального учения о природе» получили положительную оценку у физиков, которые искали в философии Фихте не конструирование надуманных связей, а те диалектические идеи, которыми пропитывалось естествознание, особенно во второй половине XIX века. «…Почти каждый новый шаг в развитии естествознания, – говорил В. Гейзенберг в своём докладе «К истории физического объяснения природы», прочитанном на заседании Саксонской академии наук 19 сентября 1932 года, – достигается ценой отказа от чего-либо предшествующего… Таким образом, по мере расширения знаний у учёных в известной степени уменьшаются притязания на полное познание мира. Наблюдение природы человеком обнаруживает здесь близкую аналогию с индивидуальным актом восприятия, которое можно, подобно Фихте, рассматривать как самоограничение Я. Это означает, что в каждом акте восприятия мы из бесконечного множества выбираем только какую-либо определённую возможность и тем самым ограничиваем число возможностей для будущего» (Гейзенберг В. Физика и философия. Часть и целое. – М.: Наука, 1989. – С. 389).

Среди понятий философии Гейзенберга, как известно, существенную роль играют понятия структуры мышления, центрального порядка, замкнутой теоретической системы. Но чаще всего Гейзенберг пользовался понятием границы, которая означала у него некий горизонт, т.е. то, что ограничивает не особую область в мире природы или культуры, а особый мир,  особое «всё» (См: Ахутин А.В. Вернер Гейзенберг и философия //Гейзенберг В. Физика и философия. Часть и целое. – С. 388).

Анализ вышеприведённого текста Гейзенберга показывает, что он стремился развить именно ту идею Фихте, которая отталкивалась от очень важной для понимания логической ситуации неклассической физики стороны кантовского рассмотрения экспериментального мышления. «Освобождая (в пределе) опыт от эмпирических ограничений, эксперимент накладывает на него ограничения условиями идеализации (например, механической идеализации). Он испытывает не только предмет в горизонте такой идеализации, но и реальную универсальность этого горизонта, испытывает теоретическую (идеальную) всеобщность теории – в горизонте бытия предмета» (Там же. – С. 377).

Уже студенты, слушавшие Фихте, уловили принципиальную разницу между натурфилософией и натурфилософией, разработанной на основе принципов наукоучения, или трансцендентальным учением о природе. «Но беседа с ним на эту тему, – вспоминал А. Твестен, – убедила меня быстро, что его натурфилософия будет ни чем иным, как выведением субъективных условий рассмотрения, например, пяти чувств… Но это не даёт ему ничего, кроме: 1) некоторого качества; 2) появления какого-либо чувства для восприятия этого качества» (J.G. FichteimGespräch… Bd. 4. S. 325). А. Твестен продолжает далее, что если фихтевская натурфилософия на этом не закончит, то она впадёт в такую же произвольность, в «которой Фихте обоснованно упрекает Шеллинга» (Ibid).