Среди самых общих методологических ориентаций современного естествознания следует особо отметить его ориентацию на философское осознание какой-либо частно-научной теоретической проблемы, что, в свою очередь, предполагает системное осмысление явлений природы или построение философии природы. В этом плане нельзя не согласиться с А.Зоммерфельдом, который пишет следующее: «современное естествознание действительно превращается в философию природы. Часто говорят о разделении и специализации науки, не замечая, что современная физика даёт неслыханное углубление и объединение знания. Именно на пропитанной философией почве, на которой могли вырасти теория относительности и квантовая механика, может наука решить свою задачу: направлять внимание на всеобщее и рассматривать наиболее глубокие проблемы познания» (Зоммерфельд А. Пути познания в физике. – М., 1973.– С. 87-88).  Однако, как показал ещё Фихте в своих «наукоучениях», за стремлением к системности часто скрывается нарастание волевого начала в интеллектуальной культуре. Именно поэтому Фихте идёт дальше точки зрения духовного «Я». Сначала он заменяет «дух» на «Абсолютное Я», а потом в понятии «трансцендентального Я» приподнимается как над Абсолютом, так и над «фактичностью феноменологического существования» (См.: GirndtH. Das «Ich» deserstenGrundsatzesderGrundlagedergesamtenWissenschaftslehreinderSichtderWissenschaftslehrevon 1804 //Fichte – Studien. Bd. 10. Amsterdam – Atlanta, GA 1997. – S. 325).

Осознание символического смысла данной мысли приводит нас к тому убеждению, что «дух» является слишком опасным теоретическим обобщением, появившимся в ходе развития философии и науки. Обеспокоенные развитием духа, мы часто забываем о природе, которая является подлинной основой и источником нашего существования. В этом смысле философские занятия естественными науками могут принести нам неоценимую пользу. Философы во все времена опирались на новейшие достижения науки и в первую очередь естествознания. Последние достижения в физике, химии, биологии, генной инженерии и других науках позволили по-новому взглянуть на сложившиеся веками философские представления. Но мы хотим сказать не только об этом.

Многие философские идеи рождались и продолжают рождаться в недрах естествознания. В свою очередь многие открытия в науке делались каждый раз новым философским подходом.

Существует точка зрения, согласно которой следует выделять две основных линии при обсуждении влияния философско-культурных традиций на стиль мышления учёного. Так, в трудах И.С. Алексеева данное разграничение прослеживается в процессе анализа творческого наследия Нильса Бора. И.С. Алексеев рассматривает непосредственное влияние тех или иных философских традиций на формирование взглядов Н. Бора и аспект, связанный с обсуждением безлично-содержательных параллелей между концепцией дополнительности и философскими традициями (См.: Алексеев И.С. Концепция дополнительности: историко-методологический анализ. – М.: Наука, 1978. – С. 74-75). В последнем случае философские идеи часто оцениваются как определённое предугадывание или предвосхищение современных физических теорий (независимо от того, оказали ли они непосредственное влияние на того или иного учёного или нет), а само философское предвосхищение при этом нередко оказывается обезличенным и выражает объективную прогностическую функцию науки (См.: Ярская В.Н. Научное предвидение (вопросы методологии). – Саратов: Изд-во Сарат. ун-та, 1980. – С. 21).